Sekolah Gembala Baik didirikan oleh masyarakat setempat di jalan Pangsuma, Pontianak karena adanya kebutuhan akan pendidikan bagi anak – anak mereka. TK Gembala Baik dikembangkan pada awal tahun 1970-an untuk melengkapi SD Gembala Baik yang sudah ada sejak tahun 1959.
Pada tahun tersebut, lingkungan jalan Pangsuma merupakan tempat yang strategis di tengah kota dan dapat mengakomodir anak – anak yang bersekolah dari daerah Siantan. Anak – anak dari Siantan dapat mencapai sekolah menggunakan perahu karena letaknya yang di pinggir sungai.
TK Gembala Baik menjadi sekolah favorit pada saat itu karena mempunyai fasilitas yang baik. Awal berdirinya TK Gembala Baik hanya memiliki 1 lokal saja. Namun seiring waktu, jumlah anak didik semakin banyak sehingga TK Gembala Baik mengalami perkembangan menjadi 10 lokal dan pindah ke gedung seberang jalan yang beralamat di jalan Pangsuma No. 55.
Perkembangan kota membuat daerah hunian bergeser ke arah Pontianak Tenggara dan lingkungan jalan Pangsuma menjadi terlalu ramai dengan berbagai industri dan perdagangan. Yayasan Pendidikan Gembala Baik melihat bahwa sebagain anak didik tinggal cukup jauh dari sekolah sehingga pada tahun ajaran 2014 / 2015, TK Gembala Baik juga dibuka di jalan Ahmad Yani dengan menginduk pada sekolah di jalan Pangsuma.
TK Gembala Baik sejak tahun ajaran 2014 / 2015 mulai beroperasi pada 2 (dua) lokasi yang berbeda sehingga tugas pengawasan dan pengontrolan oleh kepala TK menjadi lebih sulit. Oleh karena itu Yayasan mengangkat seorang koordinator untuk membantu kepala TK Gembala Baik. Kepala TK Gembala Baik tetap berkantor di jalan Pangsuma dan koordinator TK Gembala Baik berkantor di jalan Ahmad Yani.
Kepala TK dan koordinator saling bekerjasama dan berkoordinasi dalam memajukan pendidikan untuk anak usia dini di TK Gembala Baik. Mengingat adanya fasilitas yang lebih lengkap dan lingkungan sekolah yang lebih nyaman, indah dan aman maka kepala TK dan koordinator mengusulkan kepada ketua Yayasan yaitu Pastor Simon Petrus Rostandy, OFM., Cap. agar alamat TK Gembala Baik di jalan Pangsuma dapat dipindahkan ke TK Gembala Baik di jalan Ahmad Yani.
Permohonan pindah alamat pun diajukan ke Dinas Pendidikan Kota Pontianak dan pada bulan Februari 2017, Dinas Pendidikan memberikan surat keputusan perpanjangan operasional TK Gembala Baik yang baru dengan alamat di jalan Ahmad Yani, Pontianak Tenggara.
Pada tahun ajaran 2018 / 2019 koordinator TK Gembala Baik ditiadakan, maka seluruh tanggung jawab TK Gembala Baik yang beralamat di jalan Pangsuma dan jalan Ahmad Yani ditangani oleh 1 (satu) Kepala TK dan seluruh administrasi menjadi satu.